儘管iPhone 4S先前普受好評並且首賣三天銷售400萬部創了紀錄，但蘋果新手機iPhone 4S和凡人一樣都會有缺點，也許沒有預料會有如此驚人的銷售量，短時間內難免不會沒有問題。
到目前為止，iPhone 4S雖然沒有類似iPhone 4「天線門」發生的問題。但蘋果的新型智慧型手機在用戶開始使用後，在網路的留言板上已經出現了一些抱怨。其中有些可能是初期使用iPhone 4S不熟練所造成的問題，但是否成為持續困擾的原因，還有待觀察。以下就是用戶最常抱怨iPhone 4S的5大問題：
iPhone 4S銷售商Sprint顧人怨
美國電信運營商Sprint首次和AT＆T和Verizon同時銷售iPhone 4S就讓不少客戶使用新手機有不愉快的經驗，用戶抱怨在開始的幾天Sprint傳輸速度太慢。在網路上的Sprint論壇討論區就有非常多的人討論數據傳輸速度太慢的問題。
Sprint的傳輸速度太慢的問題並非第一次，PCMag在6月的調查資料就顯示Sprint在美國大部分地區都落後最快的電信網路公司Verizon和AT＆T。事後Sprint發表了一份充滿官腔的聲明將原因歸咎於iPhone 4S太暢銷，遠超過預期，實際原因仍無法得知。
iPhone 4S電池電力不足的問題
在10月4的iPhone 4S發表會上，蘋果產品管理副總裁Phil Schiller吹噓iPhone 4S的神奇電池壽命，不需要另行充電，iPhone 4S電池續航力可以讓你一聊八個小時，但是每個人的經歷並非那麼神奇。
蘋果產品評鑑網站 iLounge出版了一份包括電池壽命比較的手機評鑑報告指出：「沒有停止並連測三天後，大體上iPhone 4S比iPhone 4很明顯地有電力不足的問題，而蘋果對iPhone 4S的電池能力只比之前的iPhone 4提高了一點而已。」該評鑑報告顯示：「iPhone 4S持續地用在WiFi並且主要使用於通話和瀏覽網頁上，則其電池使用壽命和iPhone 4大致相同。但是用它來播放影片和音樂，或者使用3G連線，那麼iPhone 4S電池耗電會更快，糟糕的事情就發生了。」
美國以外地區使用Siri的問題
此次iPhone 4S全球暢銷最大的賣點之一就是內置的Siri語音助理，但很遺憾的是目前只完全適用於美國本土。雖然Siri許多內建功能在任何地方都可使用，但是使用Siri無法找到美國本土以外的地點位置或指示當地行車方向。根據一些報導，即使在加拿大用英語要求Siri查詢當天的時間但她卻失靈了。
問題更麻煩的是Siri很難理解口音腔調太重的對話，而且目前只支援英語、法語和德語，但是蘋果表示Siri未來會支援中文華語以及更多的語言。但據報導，母語非英語的用戶使用Siri已碰到不少麻煩，我們不難想像Siri在蘇格蘭的情況會是如何了。
iPhone 4S的相機問題
配備800萬像素相機是iPhone 4S另一個大賣點，從iPhone 3GS的3佰萬像素到iPhone 4的5百萬像素再跳躍到現在的規格是一個相當顯著的提升。上市至今iPhone 4S相機頗受好評，但是用戶的評價卻有很大的差異。以前的iPhone用戶所抱怨的快門速度的問題似乎又重現了。
在蘋果公司網站的論壇討論中，就有些蘋果迷表示，在用iPhone 4S相機拍照時相機快門關閉或移動真的太慢而卡住了。也有人說，有時相機根本沒有作用而必須把iPhone 4S手機關掉並重新打開電源啟動才能夠解決相機問題。
iPhone 4S的螢幕呈現淡黃色或斑點的問題
至少這問題看起來比較容易回答。有些用戶表示自己的iPhone 4S手機螢幕顯示區域上呈現淡黃色調或出現斑點，使得新型手機解析度比舊手機較模糊。
iPhone以前也發生過這個問題，大概是因為沒有影響太多人，蘋果也就從未正式解釋其原因，但是有技術人員指出這是製造過程的殘留物造成的。把手機螢幕開著一段時間，過一兩天後黃斑色調就會漸漸淡掉消失了。
iPhone 4S的相關Links：
iPhone 4S Siri在Youtube的影片：Introducing Siri on iPhone 4S
iPhone 4S在Youtube的影片：Introducing iPhone 4S
Cnn報導iPhone 4S的5大問題：The 5 biggest gripes about the iPhone 4S